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YBhg. Tan Sri/Datuk Seri/Dato’ Seri/Dato’ Sri/Datuk/Dato’/Datin/Dr./Tuan/Puan,

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Sukacita dimaklumkan bahawa Jabatan Akauntan Negara Malaysia (JANM) telah melaksanakan semakan tambahan (second validation) pembayaran emolumen Pegawai Awam Persekutuan mengikut bank secara berperingkat bermula pada pembayaran emolumen Mei 2023. Inisiatif ini adalah bertujuan untuk mengukuhkan akauntabiliti dan integriti proses pembayaran Kerajaan dan memastikan pembayaran disalurkan kepada penerima yang sebenar.

Bank-bank yang terpilih untuk pelaksanaan semakan tambahan bayaran emolumen Pegawai Awam Persekutuan bagi bulan Januari 2024 adalah seperti berikut: -

Bank Islam Malaysia Berhad;

Bank Kerjasama Rakyat Malaysia Berhad;

Malayan Banking Berhad; dan

Public Bank Berhad.

Sehubungan itu, YBhg. Tan Sri/ Datuk Seri/ Dato’ Seri/ Dato’ Sri/ Datuk/ Dato’/ Datin/ Dr./ Tuan/ Puan hendaklah memastikan maklumat Nombor Kad Pengenalan dan nombor akaun bank di dalam sistem iGFMAS adalah SAMA dengan maklumat yang didaftarkan di sistem bank. Perbezaan maklumat antara sistem iGFMAS dan sistem bank akan menyebabkan pembayaran gaji pegawai tidak berjaya.

Sebarang pertanyaan lanjut, YBhg. Tan Sri/ Datuk Seri/ Dato’ Seri/ Dato’ Sri/ Datuk/ Dato’/ Datin/ Dr./ Tuan/ Puan boleh merujuk kepada Pejabat Perakaunan* masing-masing.

Sekian, terima kasih.

Nota:

*  Bahagian Akaun Kementerian dan Jabatan Akauntan Negara Malaysia (JANM) Negeri/Cawangan

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Promotes the exchange of ideas, information, and research in nuclear medicine.

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High author satisfaction with 96% stating they would likely publish in the journal again.

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ANM(Nonlinear causal discovery with additive noise models)_anm算法-CSDN博客

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ANM(Nonlinear causal discovery with additive noise models)_anm算法-CSDN博客

ANM(Nonlinear causal discovery with additive noise models)

小鹏仔0514

于 2021-09-03 17:01:41 发布

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因果关系发现

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因果关系发现

版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明。

本文链接:https://blog.csdn.net/qq_31063727/article/details/120069998

版权

因果关系发现

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在上一篇文章我们讲了当数据背后的生成机制是线性的时候,我们如何从数据中恢复出其背后的因果结构。那么当数据背后生成的机制是非线性的时候,我们该如何从数据中恢复出其背后的因果结构呢?

本篇文章分享的论文就是提出了一个方法,使得我们可以在满足一定的假设条件下恢复出数据背后的因果结构。

在LiNGAM中,我们知道我们之所以能够识别因果结构,得益于噪声项(扰动项)的非高斯性所具有的非对称性,那么同理,对于具有非对称性的非线性函数,我们也可以从数据中恢复出因果结构吗?

ANM给出了这个问题的回答,是的,非线性与非高斯具有非常相似的一些性质,非线性也可以打破变量之间的对称性,进而允许我们识别变量间的因果关系方向。

这篇文章指出:对于任何具有加性噪声的非线性模型,几乎任何非线性(可逆或不可逆)通常都会产生可识别的模型。(for nonlinear models with additive noise almost any nonlinearities (invertible or not) will typically yield identifiable models)

这篇文章假设数据的生成方式为:,是任意函数,代表的就是节点i的父节点集合。表示具有任意概率密度的噪声变量。

在这篇文章中,通过改变函数f的线性与非线性,进而说明了当函数时非线性时,模型的可识别性。对比图如下:

 (a-c)是f属于线性的情况,由上图可知,在因果函数是线性且噪声项时高斯的情况下,P(x|y)与P(y|x)的值对于不同取值都是相似的,所以无法区分。

(d-f)是f是非线性的情况,由上图可知,当因果函数是非线性的情况下,P(x|y)与P(y|x)的值对于不同取值是可以区分的。所以基于上图,我们有理由认为因果函数的非线性有助于我们识别因果关系方向。

该篇文章假设所有的函数()都是三阶可导,在这个假设下,文章给出的定理和推论证明了在一般情况下不存在backward model(backward model指的是那种因果关系在两个方向都成立的情况x->y与x<-y同时存在)。

 

 这个定理1描述的就是在什么情况下会存在backward model。即当给定固定的函数F和V时,如果y满足,则就会存在一个backward model。

 这个推论描述的就是当什么时候存在backward model的时候,我们可以反推得到数据的生成机制时线性的。

上面讲完了模型的可识别性如何得到后,下面就要讲讲怎么利用非线性去估计模型了,也就是如何得到因果关系方向了,大致步骤如下。

首先选取一对测试两个变量是否统计独立。先假设因果机制是,然后我们利用x对y做非线性回归得到一个拟合函数,计算相应的残差,通过判断这个残差与x是否独立来测试这个方向是否与数据生成机制一致,如果独立,则可认为我们的假设是对的,如果不是,则拒绝这个假设;同样,我们也会对另一个方向做假设,即。如果两个方向都独立,那么我就选取独立分数更高的那边。重复以上步骤,直至每对变量都测试过。

当然该算法所得到的依然是一组符合数据生成机制的DAG。下面是该算法在仿真数据上的表现,我们的模型为:。变量x与n都从高斯分布中采样。实验结果如下所示:

 图中的q的是控制噪声项的分布,q=1时高斯分布,q>1和q<1分别时super-Gaussian和sub-Gaussian分布;b控制的是非线性的程度,b=0是就是线性。从图a中我们可以看到,当函数是线性且噪声项是非高斯的时候,模型是可识别的。但是如果是函数是线性但是噪声项时高斯的时候,模型是无法识别的。从图b中,我们可以得到,当函数是非线性时,即使噪声项时高斯的,那么模型也是可以区分的。

讲完模型为什么可识别,如何识别和估计后,这篇论文的核心内容也就差不多讲完了,那么这个方法有什么缺点呢?很容易想到的一点就是,时间开销会很高,因为其是一对一对变量之间做方向确定,假设有N个节点,这一步的时间复杂度大致就为O(N^2),并且还没考虑做回归时的耗时,所以论文中也有讲到对于小型网络来讲是合理的。当然论文中也提出了可能存在多重假设检验的问题(举个例子,假设方向识别错误的可能性为1%,那么做100次检验就很可能会出现1次,并且伴随着检验次数的增多,这个出现错误的次数也会增加,而多重假设检验就可以帮助我们解决这个问题)。

在了解完Direct-LiNGAM与ANM后,我们可以发现其都是基于SCM方程(因果关系函数和外生变量或者说噪声)并且利用因果关系的不对称性来进行因果关系发现的方法。就比如说Direct-LINGAM就是利用了非高斯噪声所具有的不对称性、ANM就是利用了非线性函数的不对称性。当然说到这里,我们还能不能从别的角度利用这个因果关系的不对称性呢?比如说信息论的角度呢?当然我们也可以就从这个已经提出来的角度中,去思考有没有别的方法在非线性或者线性高斯的情况下去做因果关系发现。

本篇文章分享到这就结束了,如果写的不对,请大家指出来,谢谢大家阅读。

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ANM(Nonlinear causal discovery with additive noise models)

在上一篇文章中讲了什么是Direct-LiNGAM,讲了当数据背后的生成机制是线性的时候,我们如何从数据中恢复出其背后的因果结构,现在讲线性推广开了,当数据背后的生成机制是非线性时,我们给该如何进行因果关系发现!

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晶体非线性光学还可以用于光学调制。例如,锂铌酸盐晶体可以用来实现电光调制,即通过施加电场来调制光的传输。这种调制方法可以应用于光通信中的光调制器,以及光波导器件等领域。

此外,晶体非线性光学还有其他许多应用。例如,非线性晶体可以用来实现全息显影,加密通信,以及激光波长转换等。这些应用都利用了晶体材料的非线性光学性质,通过控制光的传输和干涉来实现各种功能。

总而言之,晶体非线性光学是一个广泛应用于光学领域的重要技术。通过选择不同类型的晶体材料和控制条件,可以实现各种光学功能,为光通信、光器件和光学图像处理等领域提供了许多有益的应用。

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ACS Applied Nano Materials

基本信息

期刊名称

ACS Applied Nano MaterialsACS Appl. Nano Mater.

期刊ISSN

2574-0970

期刊官方网站

https://pubs.acs.org/journal/aanmf6

是否OA

出版商

American Chemical Society (ACS)

出版周期

始发年份

2018

年文章数

最新影响因子

5.9(2022)  scijournal影响因子  greensci影响因子

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PubMed Central (PML)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/?term=2574-0970

投稿指南

期刊投稿网址

https://sso.acs.org/idpx/login?pageURL=https://acsparagonplus.acs.org/psweb/login

收稿范围

催化、光催化、传感、等离子体、光电、生物、纳米医药、治疗诊断、能源转换和存储、纳米成形、纳米技术,以及新兴纳米材料的合成等。

收录体裁

Letters

Articles

Reviews

Spotlights on Applications

Forum Articles

Comments

投稿指南

http://pubsapp.acs.org/paragonplus/submission/aanmf6/aanmf6_authguide.pdf?

投稿模板

https://pubs.acs.org/page/aanmf6/submission/authors.html

参考文献格式

https://endnote.com/downloads/styles/

编辑信息

Editor-in-ChiefKirk S. SchanzeUniversity of Texas, San AntonioEmail: eic@ami.acs.orgAssociate EditorsNed BowdenUniversity of IowaEmail: bowden-office@anm.acs.orgJacinta ConradUniversity of HoustonEmail: conrad-office@anm.acs.orgMônica A. CottaUniversity of CampinasEmail: cotta-office@anm.acs.orgNikhil JanaIndian Association for the Cultivation of Science in KolkataEmail: jana-office@anm.acs.orgEunkyoung Kim

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xings92

2020-05-09

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Anisotropic Network Model (ANM) — ProDy

Anisotropic Network Model (ANM) — ProDy

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Elastic Network Models »

Anisotropic Network Model (ANM)

Parse structure

Build Hessian

Parameters

Calculate normal modes

Normal modes data

Individual modes

Write NMD file

View modes in VMD

Advanced visualization in jupyter notebooks

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Release Notes

v2.0 series come with new and improved sequence, structure, and dynamics analysis

features. See release notes for details.

How to Cite

Bakan A, Meireles LM, Bahar I

ProDy: Protein Dynamics Inferred from Theory and Experiments

Bioinformatics 2011 27(11):1575-1577.

Bakan A, Dutta A, Mao W, Liu Y, Chennubhotla C, Lezon TR, Bahar I

Evol and ProDy for Bridging Protein Sequence Evolution and Structural Dynamics

Bioinformatics 2014 30(18):2681-2683.

Anisotropic Network Model (ANM)¶

This example shows how to perform ANM calculations, and retrieve

normal mode data. An ANM instance that stores Hessian matrix

(and also Kirchhoff matrix) and normal mode data describing the intrinsic

dynamics of the protein structure will be obtained. ANM instances

and individual normal modes (Mode) can be used as input to functions

in dynamics module.

See [Doruker00] and [Atilgan01] for more information on the theory of ANM.

[Doruker00]Doruker P, Atilgan AR, Bahar I. Dynamics of proteins predicted

by molecular dynamics simulations and analytical approaches: Application to

a-amylase inhibitor. Proteins 2000 40:512-524.

[Atilgan01]Atilgan AR, Durrell SR, Jernigan RL, Demirel MC, Keskin O,

Bahar I. Anisotropy of fluctuation dynamics of proteins with an

elastic network model. Biophys. J. 2001 80:505-515.

Parse structure¶

We start by importing everything from the ProDy package:

In [1]: from prody import *

In [2]: from pylab import *

In [3]: ion()

We start with parsing a PDB file by passing an identifier.

Note that if a file is not found in the current working directory, it will be

downloaded.

In [4]: p38 = parsePDB('1p38')

In [5]: p38

Out[5]:

We want to use only Cα atoms, so we select them:

In [6]: calphas = p38.select('protein and name CA')

In [7]: calphas

Out[7]:

We can also make the same selection like this:

In [8]: calphas2 = p38.select('calpha')

In [9]: calphas2

Out[9]:

To check whether the selections are the same, we can try:

In [10]: calphas == calphas2

Out[10]: True

Note that, ProDy atom selector gives the flexibility to select any set of atoms

to be used in ANM calculations.

Build Hessian¶

We instantiate an ANM instance:

In [11]: anm = ANM('p38 ANM analysis')

Then, build the Hessian matrix by passing selected atoms (351 Cα’s)

to ANM.buildHessian() method:

In [12]: anm.buildHessian(calphas)

We can get a copy of the Hessian matrix using ANM.getHessian() method:

In [13]: anm.getHessian().round(3)

Out[13]:

array([[ 9.959, -3.788, 0.624, ..., 0. , 0. , 0. ],

[-3.788, 7.581, 1.051, ..., 0. , 0. , 0. ],

[ 0.624, 1.051, 5.46 , ..., 0. , 0. , 0. ],

...,

[ 0. , 0. , 0. , ..., 1.002, -0.282, 0.607],

[ 0. , 0. , 0. , ..., -0.282, 3.785, -2.504],

[ 0. , 0. , 0. , ..., 0.607, -2.504, 4.214]])

Parameters¶

We didn’t pass any parameters to ANM.buildHessian() method, but it

accepts cutoff and gamma parameters, for which default values are

cutoff=15.0 and gamma=1.0.

In [14]: anm.getCutoff()

Out[14]: 15.0

In [15]: anm.getGamma()

Out[15]: 1.0

Note that it is also possible to use an externally calculated Hessian

matrix. Just pass it to the ANM instance using ANM.setHessian() method.

Calculate normal modes¶

Calculate modes using ANM.calcModes() method:

In [16]: anm.calcModes()

Note that by default 20 non-zero (or non-trivial) and 6 trivial modes are

calculated. Trivial modes are not retained. To calculate a different number

of non-zero modes or to keep zero modes, try anm.calcModes(50, zeros=True).

Normal modes data¶

In [17]: anm.getEigvals().round(3)

Out[17]:

array([0.179, 0.334, 0.346, 0.791, 0.942, 1.012, 1.188, 1.304, 1.469,

1.546, 1.608, 1.811, 1.925, 1.983, 2.14 , 2.298, 2.33 , 2.364,

2.69 , 2.794])

In [18]: anm.getEigvecs().round(3)

Out[18]:

array([[ 0.039, -0.045, 0.007, ..., 0.105, 0.032, -0.038],

[ 0.009, -0.096, -0.044, ..., 0.091, 0.036, -0.037],

[ 0.058, -0.009, 0.08 , ..., -0.188, -0.08 , -0.063],

...,

[ 0.046, -0.093, -0.131, ..., 0.018, -0.008, 0.006],

[ 0.042, -0.018, -0.023, ..., 0.014, -0.043, 0.037],

[ 0.08 , -0.002, -0.023, ..., 0.024, -0.023, -0.009]])

You can get the covariance matrix as follows:

In [19]: anm.getCovariance().round(2)

Out[19]:

array([[ 0.03, 0.03, -0. , ..., 0. , 0. , 0.01],

[ 0.03, 0.06, -0.03, ..., 0.01, -0. , 0.01],

[-0. , -0.03, 0.09, ..., -0.01, -0. , 0.01],

...,

[ 0. , 0.01, -0.01, ..., 1.21, 0. , -0.17],

[ 0. , -0. , -0. , ..., 0. , 0.41, 0.38],

[ 0.01, 0.01, 0.01, ..., -0.17, 0.38, 0.4 ]])

Covariance matrices are calculated using the available modes (slowest 20 modes

in this case). If the user calculates M slowest modes, only they will be used

in the calculation of covariances.

Individual modes¶

Normal mode indices in Python start from 0, so the slowest mode has index 0.

By default, modes with zero eigenvalues are excluded. If they were retained,

the slowest non-trivial mode would have index 6.

Get the slowest mode by indexing ANM instance as follows:

In [20]: slowest_mode = anm[0]

In [21]: slowest_mode.getEigval().round(3)

Out[21]: 0.179

In [22]: slowest_mode.getEigvec().round(3)

Out[22]: array([0.039, 0.009, 0.058, ..., 0.046, 0.042, 0.08 ])

Write NMD file¶

ANM results in NMD format can be visualized using Normal Mode Wizard VMD plugin.

The following statement writes the slowest 3 ANM modes into an NMD file:

In [23]: writeNMD('p38_anm_modes.nmd', anm[:3], calphas)

Out[23]: 'p38_anm_modes.nmd'

Note that slicing an ANM objects returns a list of modes.

In this case, slowest 3 ANM modes were written into NMD file.

View modes in VMD¶

First make sure that the VMD path is correct

In [24]: pathVMD()

Out[24]: '/usr/local/bin/vmd'

# if this is incorrect use setVMDpath to correct it

In [25]: viewNMDinVMD('p38_anm_modes.nmd')

This will show the slowest 3 modes in VMD using NMWiz. This concludes the ANM

example. Many of the methods demonstrated here apply to other NMA models, such

as GNM and EDA.

Advanced visualization in jupyter notebooks¶

You can visualize structures and modes determined from ANM or GNM calculations

in jupyter notebooks using another python module, py3Dmol. It is a java-script

library that can visualize structural elements with light weight customization.

You can find an example notebook.

© Copyright 2010-2015, University of Pittsburgh.

Last updated on Jun 23, 2021.

Created using Sphinx 1.3.5.

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PENGUMUMAN

Persidangan Akauntan Antarabangsa MIA (MIA Internationa... [26-02-2024]

SCAM ALERT : WASPADA PAUTAN PALSU WANG TIDAK DITUNTUT (... [17-02-2024]

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SPANM Bil 2 Tahun 2024 - Peraturan Bayaran Insentif Awa... [09-02-2024]

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Aktiviti Terkini

Kunjungan Hormat MIA Ke Pejabat ANM

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29 Januari 2024

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11 Januari 2024

AWAM

BISNES

WARGA JANM

Perkhidmatan Dalam TalianSenarai perkhidmatan dalam talian JANM.

Kelab / PersatuanMaklumat kelab dan persatuan.

Wang Tak DituntutMaklumat berkaitan dengan Wang Tak Dituntut.

Pertukaran Mata Wang AsingMaklumat berkaitan dengan pertukaran mata wang asing.

 Pencapaian Piagam PelangganMaklumat berkaitan dengan Pencapaian Piagam Pelanggan.

Portal Perakaunan AkruanPautan ke Portal Perakaunan Akruan.

Portal Institut Perakaunan Negara (IPN)Pautan ke Portal IPN.

Portal iReference for Accounting OfficePautan ke Portal iRAO.

Lokasi JANMSenarai peta lokasi JANM.

Selanjutnya

Tender & SebuthargaMaklumat tender & sebutharga terkini.

Pertukaran Mata Wang AsingMaklumat berkaitan dengan pertukaran mata wang asing.

Penyata Kewangan Kerajaan PersekutuanMaklumat berkaitan dengan Penyata Kewangan Kerajaan Persekutuan.

Selanjutnya

Perkhidmatan MyGovUC JANMTatacara penggunaan e-mel.

Perkhidmatan Dalam TalianSenarai Perkhidmatan Dalam Talian JANM.

Kelab / PersatuanSenarai Kelab / Persatuan JANM.

Portal Intranet JANMPautan ke Portal Intranet JANM.

Portal Institut Perakaunan NegaraPautan ke IPN.

Portal iReference for Accounting OfficePautan ke Portal iRAO.

Portal iKnowledgePautan ke Portal iKnowledge.

Portal Perakaunan AkruanPautan ke Portal Perakaunan Akruan.

 

Selanjutnya

PERKHIDMATAN JANM

Wang Tak Dituntut

Sesiapa yang mempunyai wang tak dituntut boleh membuat...

Selanjutnya

Kelulusan Juruaudit dan Penyelesai Syarikat

Kelulusan Juruaudit dan Penyelesai Syarikat

Selanjutnya

Pertukaran Mata Wang Asing

Sistem yang menghantar notifikasi status invois kepada penerima...

Selanjutnya

Penyata Kewangan Kerajaan Persekutuan

Sistem yang menghantar notifikasi status invois kepada penerima...

Selanjutnya

Tarikh Pembayaran Gaji

Maklumat lanjut mengenai tarikh bulanan pembayaran gaji...

Selanjutnya

eVendor

Sistem untuk memudahkan pendaftaran vendor yang berurusan...

Selanjutnya

eMAKLUM

Sistem yang menghantar notifikasi status invois kepada penerima...

Selanjutnya

JANM Negeri

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Capaian Pantas

Piagam Pelanggan

Statistik Perkhidmatan Dalam Talian

Meja Bantuan

Aduan dan Maklum Balas

Surat Pekeliling Akauntan Negara Malaysia

Direktori

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Pembayaran Gaji

Wang Tak Dituntut

Wang Tak Dituntut & CDS-MOF

Pertukaran Mata Wang Asing

Maklumat Bahagian

Bahagian Pengurusan Wang Tak Dituntut (BWTD)

Pengiraan Ansuran Bulanan Bayaran Balik Pinjaman

Pinjaman Kenderaan

Pinjaman Komputer dan Telefon Pintar

Kod Perakaunan

Hubungi Kami

Jabatan Akauntan Negara Malaysia (JANM) Aras 1-8, Kompleks Kementerian Kewangan,

No. 1, Persiaran Perdana, Presint 2,

62594 Putrajaya.    +603-8882 1000     +603-8889 5821     korporat[at]anm[dot]gov[dot]my

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